随着从海中突然出现的怪兽一同袭来的巨浪，港口城镇匡波町遭受了灾害。停止活动的怪兽溶解于海中，化为鱼贝类丰富的营养源，滋养了匡波町的经济，被称为丰穰之神伽奇玛。曾是受灾者的少女杜野宫矢子，为了将这件事以有形的方式留存下来，制作了伽奇玛的人偶，作为特产销售并广受欢迎。然而，在重建后的匡波町，怪兽时隔10年再次现身……怪兽究竟是人类的敌人还是盟友？