哥斯拉在三原山消失以后，超级X的残骸被回收，日本政府在毁坏的东京内寻找遗留下的G细胞。同时，一个无情牟取暴利的生物工艺学企业联合所属的突击队也在找G细胞。然而这组织的代理人被杀，细胞也被SSS9，色拉迪亚共和国所雇用的刺客偷走。中东石油国色拉迪亚想要发展