主角直枝理樹與其青梅竹馬的朋友棗恭介、棗鈴、井之原真人、宮沢謙吾一起過著全寄宿制的高中生活。他們從小就結成了一個與惡勢力作鬥爭，號稱正義的使者的隊伍，名為「Little Busters」。升上高中後，他們依然像以前一樣過著快樂的每一天，理樹也渴望與夥伴們的日子能夠永遠持續下去。 一天，恭介提議要組成一個棒球隊伍，像從前一樣再熱鬧地玩一次。於是理樹們就開始尋找隊員，揮灑著青春的光彩…