最强的思考型机器人、非正规机器人猎人第十七队之精锐部队的队长──释玛，突然向世界宣战叛乱。两位新的猎人成员： X 与阿零，一同将释玛消灭人类、建立只有思考型机器人国度的计划破坏，世界亦回复和平，但，零也牺牲了自己的性命…… 　　第一次思考型机器人大战后六个月──非正规机械发生暴乱的事件不降反升，经猎人总部调查后，证实在某一处荒漠中有一座废弃工厂被重修并制造充满恶意的机械，而生产出来的制成品中，皆装有刻上释玛标志的芯片。刚刚上任猎人第十七精锐部队的 X 带队调查，成功破坏该工场。