故事讲述的是一位名叫来栖晓的少年在春天转入私立秀尽学园高中就读，然后与充满个性的同伴们相遇。他们以普通高中生的身份过着平常的高中生活，但是在某次突发事件后，主人公和他的伙伴们觉醒了“Persona”的能力，并投身到“怪盗”的工作中。