四个神龟兄弟开始了他们的新冒险，二哥拉斐尔成为四龟队长，变身独树一帜的筋肉男造型，他还拥有全新的超能力，聚气之后爆发超能，有点像《铁拳》丹尼兰德，除此之外，拉斐尔是第三个用米开朗基罗标志性用语“Booyakasha”的神龟，指挥莱昂纳多、多纳泰罗以及米开朗基罗探索纽约，对抗全新登场的敌人，发现超能力。他们最终利用神秘的忍者力量对抗新反派Baron Draxum