《神兵3.5》承接《神兵3》的剧情，二者属于同一长篇故事，只是连载中途更名。舞台设定在隋朝，距离南宫问天的时代已经过去数百年，昔日绝大多数天神兵、魔兵早已损毁，天晶碎裂化为五枚小天晶散落大地。 少年豪杰一路奔走，持续搜寻五彩小天晶碎片，而重生归来的炎帝，正暗中推动布局，依靠妖兵的力量图谋掌控天下。随着各方江湖势力、妖兵持有者陆续登场，矛盾全面激化。故事逐步揭开炎帝与蝶无双在上古时期的恩怨过往，炎帝的野心与神皇之力的秘密也一一曝光。 蚀日之日到来，豪杰集齐五枚小天晶，重铸完整天晶。炎帝将炎帝剑刺入自身，化身神皇，施展出九天神皇诀，豪杰与炎帝迎来决定天下命运的终极决战。大战落幕之后，故事处理一众登场角色的归宿，为本篇的江湖纷争画上句号。