在前作中，索拉为了世界和平，不得不抛下迪士尼城国王（米老鼠）以及好友莉可而将门关上。不过关门前国王说会找到光之门逃脱的，因此索拉与唐老鸭和高飞狗踏上寻找国王与莉可的旅程。途中索拉他们遇上不知名的神秘黑衣人，引导他们到达一座神祕城堡，而国王与莉可也曾经到过这栋城堡。索拉在城中发现关於旅行目的之重要关键，可是却开始失去记忆…… 　　一年后，在不是白天也不是晚上的曙光镇（Twilight Town），故事从一位少年身上再度展开。神祕组织 XIII 机关、再度来袭的危机，最后等著索拉的究竟会是……？