《碧蓝幻想》的故事发生在一个大陆飘浮在天空的世界。多年前，世上曾发生名为“星之民”与“空之民”的战争，战事最终以空之民打倒了拥有神秘技术的星之民而告终。而游戏的主角则是生活在某个浮空岛上的少年，他生活的村落在军事帝国战舰失事中遭到摧毁，却也因此结识了被军队所追捕的失忆少女露莉亚，奇怪的是他发现在露莉亚的身上，拥有着早该消失的星之民遗产技术“星见兽”，失去家园的少年与失去记忆的少女，两人的冒险就此开始启动。