20世纪初，于西欧小国苏瓦尔的贵族学校——圣玛格丽特学园留学的东方少年久城一弥与图书馆塔最上层植物园中的不可思议美少女维多利加相逢。那时正值新旧文化交际、藉由代表东西文化的男女主角探索「混沌」的过程，引发许多值得深思的精彩。直木赏作家所带来的黑暗之谜由此开幕！