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雪男は燐に決別を告げ、イルミナティへと向かってしまった。強さを求め、真実を求める雪男と向き合うためには、自分たちの出生の秘密を知る必要があると決意した燐は、メフィストの手引きで過去へと旅立つ。燐は、育ての父である藤本獅郎と実の母であるユリ・エギンの足跡を辿っていくが、二人が生きた道筋は、想像を超える過酷なものだった――なぜ、悪魔の神であるサタンと人との間に仔が生まれたのか。〝青い夜〟とは何だったのか。すべてを知ったとき、燐が出す答えとは……。物語はいよいよ「青の祓魔師」の核心を暴き出す――

西历5012年。突向地球飞来的<外星人>与其制造的<机械生命体>,让人类身陷灭绝的危机。为了夺回地球,<人造人>的士兵反攻作战开始。但是,在无限增殖的<机械生命体>的面前,战争陷入胶着。人类派出最终兵器,新型人造人<寄叶>部队前往地球。刚被派往新地球的<2B>与先行调查员<9S>会合,共同执行任务,在执行任务期间,他们遭遇数个不可思议的现象……这是为人类而战,<人造人>们的故事——。

突然姿を消したシュラを捜索するため、燐と雪男は兄弟ふたりで青森・永久蛇湖へ向かう。ここは、シュラの出身地――かつて獅郎が彼女を保護した場所だった。捜索を進める中、燐と雪男は、シュラに待ち受ける定めを知る。一方、正十字騎士團日本支部にやってきた四大騎士(アークナイト)のひとり・ライトニングは、イルミナティについての調査を開始する。全ては「青い夜」から始まった――そう推測するライトニングは、徐々に騎士團の暗部へ足を踏み入れることとなる……

西暦5012年。突如地球へと飛来してきた<エイリアン>と、彼らが生み出した<機械生命体>により、人類は絶滅の危機に陥った。月へと逃げのびた僅かな人類は、地球奪還のため、<アンドロイド>の兵士を用いた反攻作戦を開始。しかし無限に増殖し続ける<機械生命体>を前に、戦いは膠着状態に陥る。人類は最終兵器として、新型のアンドロイド<ヨルハ>部隊を地球へと派遣した。西暦11945年。「第243次降下作戦」が決行され、新たに<ヨルハ>部隊の<2B>と<9S>が地球へと派遣される。両名は機械生命体の基幹ユニット<アダム>及び<イヴ>の撃破に成功。これを敵の殲滅、及び永きに亘る戦争終結への好機と捉えた<人類軍>は、機械生命体に対し総攻撃をかける決断を下す。これは運命に翻弄された<アンドロイド>たちの、戦いと願いの記録――。