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在过去,身份未知的敌人・不明之敌突然出现。而作为应对威胁的对策,「超进化铁道开发机构」通称「ERDA」开发了由新干线变形而成的机器人「进化先锋」。「我要…成为能够守护什么的,帅气的人…」身为中学二年级学生的大成大成,为了寻找两年前失踪的姐姐的线索,转学到进开学园中学。就在这时,不明之敌经过十年时间后再一次出现。大成也机缘巧合下成为进化先锋的驾驶员。被发现具有高适应値的他,被迫做出战斗的决定。不明之敌的真实身份是什么?其目的又是为何?隐藏在战斗末端的真相又是什么?少年们的决意和成长的故事,现在开始了。

2024年,世界发生了史无前例的灾难,然后15年过去了。成为废墟的日本栖息着一种食人的怪物(蛭子),人们艰难地生存着。在东京·中野经营万事屋的的斩子接受了一个神秘女人的委托,“带这个孩子去天国”。这个被留下的名叫真流的孩子说“天国好像有人和我长得一模一样。”除此之外他什么都不知道。“天国”究竟在哪里?当你到达那里时会发生什么......?真流和斩子寻找天国的旅程现在开始了——!